舞台は1926年、アメリカはボストンから物語が始まる。
密林探検家である探索者たちは、医者であり探検家の “アレックス・ライズ”に呼び出された。
「アマゾンの奥地にある秘境 “失われた都市Z” を証明せよ」
任務を果たすため、 それぞれの目的を達成するため、一同はジャングルへと向かう。
“深碧の魔境” では、蛇・虫・豪雨・伝染病などの厄災だけでなく、人知を超えた大厄が襲い掛かる。
探索者たちは無事に、 ジャングルに隠された都市Zを証明することができるのだろうか──